Die Tätigkeit der Verfassungsschutzbehörden unterliegt einer vielfältigen Kontrolle. Dazu gehört die allgemeine parlamentarische Kontrolle, die durch die Berichtspflicht des verantwortlichen Ministers gegenüber dem Landtag im Rahmen von aktuellen Stunden, Anfragen von Abgeordneten, Petitionen usw. ausgeübt wird. Eine besondere Kommission des Bayerischen Landtags, das Parlamentarische Kontrollgremium, überwacht die Arbeit des Verfassungsschutzes. Die G 10-Kommission überprüft die Maßnahmen zur Überwachung des Post- und Fernmeldeverkehrs - deren Zahl seit Jahren im unteren zweistelligen Bereich liegt -, die Zulässigkeit und Notwendigkeit der Auskunftsverpflichtungen von Post- und Telekommunikationsdienst- leistern sowie des Einsatzes des so genannten IMSI-Catchers. Die Verwaltungskontrolle obliegt dem Innenministerium im Rahmen der Dienst- und Fachaufsicht und dem Bayerischen Obersten Rechnungshof. Der Bayerische Landesbeauftragte für den Datenschutz kontrolliert die Einhaltung der Datenschutz- vorschriften. Diese Kontrollen werden ergänzt durch eine mögliche gerichtliche Nachprüfung belastender Einzelmaßnahmen sowie durch die Öffentlichkeit in Form von Presse, Funk und Fernsehen.
Siehe hierzu auch nachfolgendes Schaubild:
